L'OAV commence par une voix (Kira) nous expliquant ce que sont les anges... Puis les scènes s'enchaînent comme dans le 1er volume du manga.
L'histoire commence par Kouraï et Arachnée volant le corps d'Alexiel, tandis que Katan brise les scellés de Rochel par une grande invocation. Puis on découvre la vie quotidienne de Setsuna, Sara et Kira à l'école et en dehors. En rentrant chez eux après un après-midi sympa, deux mystérieuses démones lancent une attaque contre Setsuna puis s'enfuient. A ce moment, physiquement rapprochés, Setsuna déclare son amour à sa sœur, mais cet événement révèle aussi son aura...
C'est alors que de plus en plus d'êtres non-humains apparaissent dans la vie de Setsuna, êtres qui lui parlent d'une certaine "Alexiel" dont il n'a que faire ! Il croise en ville un ange aux cheveux bleus (Rochel) quelque peu étrange, puis encore les deux démones dans un parc... Kouraï lui raconte alors la terrible histoire des anges jumeaux organique et inorganique.
Le lendemain, Rochel tend un piège à Setsuna : enlever Sara pour l'attirer. Setsuna, mis au courant par le cartable de sa sœur, accourt ainsi directement vers l'entrepôt où elle est séquestrée. Le piège marche : des étudiants retenant Sara surgissent des golems monstrueux qui ne font qu'une bouchée de Setsuna. Arrive alors Rochel pour terminer le travail... Mais ironie du sort, Adam Kadamon fait une éclatante apparition, ôtant tout pouvoir à Rochel qui se trouve contraint de fuir. Les démones, qui ont tout vu, reviennent à la charge de Setsuna, et Kouraï s'adressant à Alexiel l'implore de revenir parmi les démons.
Setsuna, soigné de ses blessures, emmène Sara à la maison. Soulagé d'avoir sauvé son plus cher amour, il ne peut s'empêcher de l'embrasser mais... sa mère a tout vu. Aussitôt elle se met en colère et Sara, réveillée, entend tout. Setsuna s'enfuit en réalisant le souhait de sa mère : renier ouvertement son amour pour Sara et la quitter pour toujours. Mais quel déchirement pour Sara...
Pendant ce temps, Rochel, mécontent de Katan qui est intervenu dans ses affaires lors de l'apparition d'Adam Kadamon pour le sauver, le réprimande, puis s'en suit l'éternel jeu amoureux entre eux deux... "Dis-moi que je suis beau"... Kira conclut en remarquant le fait que Setsuna est capable d'attirer vraiment les êtres les plus divers...

Kouraï voyant que Setsuna ne veut rien entendre, s'inquiète du devenir de l'âme d'Alexiel et appelle les trois Dragons Divins. Pendant ce temps, Sara est emmenée par sa mère dans une école religieuse, école dans laquelle elle affirme ne pas vouloir renoncer à son amour incestueux. Sa mère choisit alors une autre tactique pour effacer cet amour insupportable : aller en Grande-Bretagne. Résignée, Sara se remémore alors ses bons moments avec Setsuna. Elle décide d'aller le voir à son lycée pour lui donner un baiser d'adieu...
Mais quelque part aux cieux, Rochel avait réfléchi avec Katan à un autre moyen d'exaspérer Setsuna pour réveiller Alexiel : divulguer la photo compromettante du baiser de Sara & Setsuna et prendre le contrôle du corps de Katô pour mieux superviser les opérations... Mais par l'intervention salvatrice de Kira tout va échouer : il réconforte Setsuna, calmant sa rage.
Pour oublier l'épisode peu glorieux de la photo, celui-ci se met à courir jusque dans un parc, et par hasard s'y trouvent Rochel et Kira. Rochel, mécontent d'avoir appris que le Glaive Divin était en la possession de Setsuna, se met en rage et décapite Kira... Mais Setsuna a tout vu et l'âme d' Alexiel prend le dessus. S'en suit une belle bataille entre Alexiel et Rochel, qui se finit par la mort de Katô (que Rochel avait astucieusement provoquée en habitant le corps de Katô). Quand il revient à lui, Setsuna constate la mort de Katô et voit à sa grande stupeur Kira entier et vivant. Il s'enfuit...
il pleut... Arachnée vient à l'encontre de Kira pour avoir des explications. Kira lui raconte les raisons de son immortalité : âme du Glaive Divin, il a été taché du sang de Rochel lors de son dernier combat. Ailleurs en ville, Setsuna, errant, croise Kouraï et lui fait éviter une voiture... Setsuna prouve par son geste et ses dires le fait qu'il tient à Kouraï, ce qui lui remonte le moral. Elle tombe amoureuse...
Vient le temps où Sara part à l'aéroport avec sa mère. Kouraï, qui se trouve là à ce moment, se fait interpeler : Sara lui confie Setsuna et le symbole de leur amour, la petite bague... Kouraï rejoint alors Setsuna pour lui apprendre la "triste" nouvelle et lui rend la bague. Setsuna, pris d'un élan de désespoir, accourt à l'aéroport (tout en ayant des démêlés avec la police, suite à la mort de Katô), Sara le voyant se jette dans ses bras. Puis ils s'enfuient... Que se passe-t-il pendant ce temps au Paradis ? Rochel embrasse Katan... Mais le subterfuge échoue : Katan recrache la plume-gélule de son bien-aimé maître. "Pourquoi ne me fait-il pas confiance..."

Kira se souvient de l'enfant qu'il a rencontré et dont il a adopté le corps. Sa promesse a été de se faire haïr de son père pour qu'il souffre moins de sa disparition future... Il décide de porter la responsabilité du meurtre de Katô : pour protéger Setsuna et remplir sa promesse de rompre les liens affectueux du père du vrai Sakuya. Mais ça ne semble pas marcher, son père l'aime toujours ! Sara et Setsuna vivent enfin librement leur amour. Ils passent alors la nuit dans le lit, et ce au détriment de Rochel qui ne supporte pas cette "trahison" de la part d'Alexiel.
Pendant ce temps en Enfer, Kouraï appelle encore les dragons car elle s'impatiente au sujet d'Alexiel. Jade lui annonce alors son éveil très prochain... Et on ne peut mieux, peu après, Katan vient interrompre l'idylle des Mudô en mettant un terme à la vie de la pauvre Sara. Les conséquences sont lourdes : Katan est gravement blessé, mais surtout Setsuna s'échauffe et Alexiel se réveille enfin. C'est la destruction programmée de Tokyo. Kouraï arrive sur les lieux du désastre, le père de Kira meurt sous les yeux en pleurs de Kira.
C'est alors que Setsuna se replie sur lui-même et rêve... Sara est sa petite amie, il a plein de copains... Mais ce n'est qu'un rêve... Kira finit par le ramener à la réalité en l'appelant. Et Setsuna vient à lui, Sara dans les bras. Rochel, qui s'est approché de la scène, provoque ouvertement Alexiel en duel. Celle-ci répond violemment en brandissant son Glaive Divin, qui étonne et fait partir Rochel.
Plus tard le groupe malheureux se déplace sur un bâtiment plus accueillant pour se recueillir. Apparaît alors à nouveau Adam Kadamon qui va exécuter un (second) miracle : remonter le temps jusqu'à juste avant la destruction de Tokyo, et le geler. Mais pas ressusciter Sara... Eh non, sa mort est cruciale pour le retour d'Alexiel tant attendu de tous. Le pauvre Setsu, après avoir reçu la dague divine en plein cœur, devra pour exhaucer son vœu de vivre avec elle, aller chercher son âme en Hadès.
...Métatron a fait un cauchemar... "Sévy !!" Mais Sévoth-tart reste de marbre...